事实上，当时的中国不是键盘政治家成天挂在嘴上的藏南，外蒙这两个问题，而是新疆，西藏，内蒙都同时出现了分离主义的倾向.
在新疆的问题上
1930年代和1940年代，苏联多次试图吞并新疆地区，将其改为“东突厥斯坦苏维埃社会主义加盟共和国”，为此扶植了很多新疆民族主义和共产主义团体，并积极寻找在新疆的代理人。
1934年，由于盛世才奉行亲苏政策，在他当选新疆省主席后，借助苏联的力量驱逐南疆张培元、北疆马仲英，成为名副其实的“新疆王”。
1942年，盛世才怀疑苏联企图推翻新疆省政府，分裂中国以建立苏维埃政权，便与苏联决裂，转向国民党靠拢。1943年1月，盛世才奉国民政府之令，要求苏联撤出新疆驻军及其机关，遭苏方指为“非法且仇视的行为”。
1944年，蒋介石将统治新疆达十年的盛世才调离新疆，赴重庆任农林部长，改派吴忠信任新疆省长。盛世才离疆后，新疆出现权力真空，盛时期新疆民族问题以及与苏联关系的恶化由之而曝露，新疆境内的少数民族开始爆发暴乱。
1944年4月，在苏联驻伊宁领事馆的支持和帮助下，“伊宁解放组织”成立，主席为苏联籍乌兹别克人艾力汗?吐烈。
1944年8月，苏联鞑靼族侨民帕提赫?莫里斯莫夫组织巩哈游击队，发起“巩哈暴动”。
1944年10月7日，游击队攻占巩哈县城，伊宁驻军主力1600人调往巩哈平乱。苏联侨民铁伊?伊凡诺维奇?列斯肯在果子沟组织游击队，形成战略呼应。
1944年11月6日，在得到苏联驻伊宁领事馆的帮助下，苏联军官阿列克山德洛夫率军从霍尔果斯潜入伊宁，同“伊宁解放组织”组成军事指挥部。同日，列斯肯占领芦草沟，切断迪伊公路。
1944年11月7日，伊宁事变爆发，外有巩哈游击队进攻，内有苏联红军和武装人员呼应，驻军中少数民族士兵哗变。
1944年11月9日，伊宁驻军负责人曹日灵电告朱绍良内有：“名为剿匪，实为国际战争”、“市区土匪全为归化人及塔塔尔族，以其领事馆作根据地，所获武器系苏联制造”。
1944年11月10日，伊宁全城被攻占，守军残部及汉族官员、平民约8000人撤至城郊机场及艾林巴克、鬼王庙两处高地，等待救援。
1944年11月12日，“伊宁解放组织”召开大会，宣布成立“东突厥斯坦共和国”临时政府，主席为艾力汗?吐烈，副主席有包尔汉等。
1945年1月5日，艾力汗?吐烈宣布“东突厥斯坦共和国”脱离中华民国而独立。
1945年2月1日，在苏联红军的帮助下，民族军攻占艾林巴克。7月31日，攻占塔城。
1945年期间，国民政府屡次与支持叛乱的苏联政府交涉。1945年7月5日，蒋介石在一次中苏会谈上提出：“苏联政府如果能保证中国对东北和新疆的领土和行政主权，对中共和新疆变乱不再作任何支援，中国政府才考虑苏联有关外蒙的要求”。会后宋子文继续与苏联谈判。斯大林表示，无论延安、新疆均服从蒋委员长的领导，苏联只支持国民政府，可以根据中国政府的要求发表声明，并答应宋子文关于制止从苏联往新疆偷运武器的要求。
其后，《中苏友好同盟条约》签订。紧接着在1945年9月，苏方代表莫洛托夫与中方代表王世杰在伦敦就“新疆伊犁事件”磋商时表示这个事件是临时现象，不久就可以平息。在得到苏联的保证后，蒋介石开始在公开场合表示“愿意和平地解决新疆问题”。